Je suppose que les mises à jour officielles réinstallent toujours complètement le système. Donc pas étonnant de n'avoir que des "Disabled".
Concernant Zelda SS, je ne suis pas certain, mais il me semble que Riivolution démarre les jeux en évitant les MAJ de la console (en tout cas, d'autres homebrew le font, c'est sûr). Donc, tu aurais certainement pu démarrer le jeu par un autre moyen que par la chaîne "disque". Ou alors, autre méthode : installer Priiloader, un utilitaire qui bloque les mises à jour.
Concernant le blocage de Riivolution, c'est étonnant que Pimp My Wii n'ait pas fait correctement son office. As-tu bien exécuté "lancer le test et corriger les problèmes" plusieurs fois jusqu'à ce qu'il n'y ait plus de problèmes ?
Si tu as pris la décision d'en rester là, je n'insiste pas, mais je trouve ça triste

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Il n'y avait pas spécialement de quoi s'inquiéter.
Sinon, pour le message d'avertissement, je ne sais pas. Mais si tu as déjà fait la MAJ de la console et que tout va bien, alors… tout va bien.